• (1) 원고는 주식회사 ZZ(이하 ‘이 사건 회사’)의 법인등기부에 2014.2.28.부터 2014.8.4.까지 대표이사로, 2014.8.29.부터 2015.1.15.까지 단독사내이사로, 2015.3.10.부터 2015.7.22.까지 대표이사로 등재되어 있었다.
• (2) 이 사건 회사는 2009.8.25. 설립되어 2015.7.28. 폐업처리되었다.
• (3) 이 사건 회사는 2015.3.30. 2014년도 법인세 신고를 하면서 대차대조표상 주주ㆍ임원ㆍ직원에 대한 단기대여금을 785,240,857원, 미수수익을 55,503,772원으로 계상하고, 위 금액을 이 사건 회사가 원고에게 대여한 것으로 보아 2014년도 귀속 법인세 부속서류인 가지급금등의 인정이자 조정명세서(갑)에 원고에 대한 가지급금 인정이자 조정내역에 신고하였다.
• (4) 이 사건 회사는 2015.6.30. 소유하고 있던 부동산을(이하 ‘이 사건 부동산’)을 신MM에게 3,600, 000,000원에 매도하고, 2017.7.28. 폐업하면서 2015년도 법인세를 신고하지 않았다. 이에 YY세무서장은 법인소득금액 추계 결정하면서 이 사건 회사의 2015년도 소득금액 1,143,621,387원을 익금으로 산입하여 위 소득금액을 이 사건 회사의 대표이사로 등재되어 있던 원고에 대한 인정상여로 소득처분한 다음, 원고에게 위 소득처분에 다른 소득금액변동통지를 하였다.
• (5) 피고인 XX 세무서장은 YY세무서장으로부터 위와 같은 과세자료를 통보받은 다음 2018.10.25. 원고에게 2015년 귀속 종합소득세 483,717,790원을 과세예고통지를 하였고, 원고는 2018.11.12. 이에 불복하여 피고에게 과세전적부심사를 청구하였다. 이에 따라 원고에게 실질 귀속되지 않은 450,000,000원, 임대차 보증금에 전환에 사용된 190,000,000원 총 640,000,000원을 감액한다는 소득금액변동정정통지를 하였다.
• (6) 피고는 위 인정상여와 관련된 수입금액 505,103,440원(1,143,621,387 - 640,000,000)으로 보아 2019.5.1. 원고에게 2015년도 귀속 종합소득세 209,696,150을 결정 고지하였다. 원고는 위 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원 심판청구를 하였으나 심판청구가 기각되었고, 위 처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였으나 원고의 청구는 기각으로 확정되었다.
• (7) YY세무서장은 원고의 1차 2015년도 귀속 종합소득세 처분에 대한 과세전적부심사 청구에 따른 재조사결정 과정에서 이 사건 회사가 2014년도 법인세 신고 시 제출한 대차대조표상 가지급금 785, 240,857원 및 위 가지급금에 대한 미수이자 55,503,772원을 2015.7.28. 폐업 시까지 회수하지 않은 것으로 보고, 위 금액에 가지급금에 대한 인정이자 30,133,886원을 합한 870,878,515원을 원고에게 상여로 소득처분한 다음 2019.11.12. 원고에게 위 소득처분에 따른 소득금액 변동통지를 하였다.
• (8) 피고는 YY세무서장으로부터 위와 같은 과세자료를 통보받은 후 위 870,878,515원 중 원고에 대한 1차 2015년도 귀속 종합소득세에 반영된 505,103,440원을 제외한 나머지 365,775,075원을 원고의 2015년도 귀속 종합소득세에 합산하여 2021.3.19. 과세예고통지를 거쳐 2021.4.19. 원고에게 2015년도 귀속 종합소득세를 경정 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’).
• (9) 원고는 2021.6.4. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판 청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022.10.4. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

피고는 이 사건 회사가 원고에게 지급한 가지급금이 회수되지 않았음을 전제로 이 사건 처분을 하였는데, 실제로 원고에게 위 가지급금이 지급되었는지, 만약 가지급금이 지급되었다면 회수되었는지 확인되지 않았다. 이 사건 회사가 2015.3.30. 신고한 2014년도 귀속 법인세 신고서에 대표이사가 채BB로 기재되어 있는데, 이 당시 이 사건 회사 법인등기부에 기재된 대표이사는 채BB가 아니라 원고이므로, 위 신고서는 적법한 대표자가 아닌 자에 의해 제출된 것으로 과세자료가 될 수 없다. 이 사건 회사는 2015.7.28. 폐업되었고 이때 원고의 특수관계자 지위도 소멸하였기 때문에, 피고가 2021.4.22. 한 이 사건 처분은 소득세 부과제척기간인 5년이 도과하였다.

구 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조는 제1항에서 “익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.”고 규정하고, 제3항에서 “제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”고 규정하고 있다. 구 법인세법 제15조 제3항의 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제9호의 2 가목에서는 구 법인세법 제15조 제1항의 규정에 따른 수익의 하나로 ‘제87조 제1항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금(특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금등으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다. 이하 ‘업무무관 가지급금’이라 한다) 및 그 이자’로 규정하고 있다. 한편 구 법인세법 제67조는 “제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여 배당 기타사외유출 사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.”고 규정하고 있다. 이러한 구 법인세법 관계 법령의 체계와 내용에 비추어 보면, 구체적인 익금산입의 요건을 정한 구 법인세법 시행령 제11조 제9호의 2 가목은, 법인이 정당한 사유 없이 특수관계자가 소멸되는 날까지 업무무관 가지급금이나 그 이자를 회수하지 않은 경우 법인이 실질적으로 그 채권을 포기하거나 채무를 면제하여 그 채권 상당액이 사외유출되었다고 보고 특수관계인에 대하여 소득처분을 하기 위한 전제로서 그 채권 상당액을 법인의 익금에 산입하는 근거규정이다(대법원2020두39655, 2021.7.29., 판결 등). 구 법인세법 시행령 제11조 제9호의 2 가목은 법인과 그 특수관계인 사이에 존재하던 특수관계가 소멸하였음을 적용 요건으로 하는데, 주식회사의 경우 직권 폐업되었다는 사정만으로 바로 특수관계가 소멸하였다고 볼 수는 없으나(대법원2020두51723, 2021.8.12., 판결), 예외적으로 외관상 해산사유가 발생하지 아니하여 청산절차가 개시되지 아니하였다고 하더라도, 특수관계인에 대한 가지급금을 회수하지 아니한 채 폐업상태를 유지하여 실질에 있어 해산 또는 청산된 것과 다름없는 상태에 이르렀음에도 해산 또는 청산이 이루어지지 않았다는 이유로 장기간 세금을 부과할 수 없게 된다면 청산절차가 종결된 법인에 비하여 불공평한 취급을 하게 되는 결과가 되어 조세공평의 원칙에 반하는 경우와 같은 특별한 사정이 있는 경우에는 폐업일에 특수관계가 소멸하였다고 볼 수 있다(대법원2007두8416, 2007.7.26., 판결 등). 일반적으로 세금부과처분 취소 소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다고 할 것이나, 과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인 사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여 과세요건 사실을 인정할 수 있는 간접사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원2015두60341, 2016.6.10., 판결 등).

위 법리에 앞서 든 증거의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 회사 폐업일인 2015.7.28. 원고와 이 사건 회사 간의 특수관계가 소멸한 것으로 평가할 수 있어 이 사건 회사가 원고에게 가지는 가지급금 및 이에 대한 이자를 익금으로 산입하고 원고에 대한 상여로 소득처분한 이 사건 처분은 적법하다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다. 원고가 이 사건 회사 법인등기부에 일정기간 대표이사로 등재되지 않은 사실이 있다고 하더라도 원고는 2014년부터 이 사건 회사의 실질적인 대표이사로서 이 사건 회사를 경영한 것으로 보인다. 이 사건 회사의 대표이사 변경내역에 의하면, 2014년에는 김CC가 대표이사로 취임한 24일을 제외한 나머지 기간 동안 원고 또는 원고의 배우자 박DD가 대표이사로 등재되어 있었고, 2015년에는 폐업되기 전까지 최EE가 대표이사로 취임한 1개월 24일 및 채BB가 대표이사로 취임한 5일을 제외한 나머지 기간 동안 원고가 이 사건 회사의 대표이사로 등재되어 있었다. 원고가 2015년도 중 이 사건 회사의 대표이사로 등재되어 있지 않았던 기간 중 2015.1.16.부터 2015.3.9. 사이에 이 사건 회사의 대표이사로 등재되어 있었던 최EE는 1994.3.2.부터 2015.12.31.까지 NN은행 차장으로 재직하여 위 등재기간 동안 위 은행에 근무하고 있었고, 자신은 명목상 대표이사에 불과하며 원고가 실질적 대표로서 이 사건 회사의 모든 소득을 가져갔다는 내용의 확인서를 작성하였다. 이 사건 회사의 대표이사로 2015.7.23. 채BB가 취임한 것으로 법인등기부에 등재되어 있으나, 채BB와 무관한 원고가 대표자로 있는 다른 법인 사업장의 종업원인 전PP가 대표이사 변경 관련 사업자등록을 정정ㆍ신고한 점에 비추어 볼 때, 채BB를 이 사건 회사의 실질적 대표이사로 보기 어렵다. 원고는, 원고에 대한 1차 2015년도 귀속 종합소득세 부과 처분과 관련된 소송에서도 자신은 이 사건 회사의 형식적 대표이사에 불과하다고 주장하였으나, 위 소송을 담당한 법원은 이러한 원고의 주장을 받아들이지 않고 원고가 이 사건 회사를 실질적으로 경영한 것으로 판단하였다. 이 사건 회사가 2015.3.30. 2014년도 귀속 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하면서 이 사건 회사의 대표자 성명을 채BB로 기재한 사실, 당시 이 사건 회사 법인등기부에는 원고가 대표이사로 등재되어 있었던 사실은 인정된다. 그러나 채BB는 2015.7.23. 이 사건 회사 대표이사로 등재되었지만 그 이전에 이 사건 회사의 업무에 관여하였다고 볼 만한 사정이 없는 점, 앞서 본 바와 같이 적어도 2014년부터 이 사건 회사의 실질적 대표이사는 법인등기부의 기재에도 불구하고 원고로 평가할 수 있는 점, TT세무회계서비스가 이 사건 회사를 대리하여 2014년도 귀속 법인세를 홈택스 사이트를 통해 신고한 점 등을 고려하면, 이 사건 회사가 2015.3.30. 제출한 법인세 과세표준 및 세액신고서는 실질적으로 원고가 제출한 것이라고 봄이 타당하다. 이 사건 회사는 2015.3.30. 2014년도 귀속 법인세를 신고하면서 제출한 표준대차대조표상 주주 임원 직원에 대한 단기대여금을 785,240,857원, 미수수익을 55,503,772원으로 기재하였고, 위 금액을 원고에게 대여한 것으로 보아 가지급금등의 인정이자 조정명세서(갑) 서식에 원고에 대한 가지급금 인정이자 조정내역을 기재하여 신고하였다. 만약 이 사건 회사가 원고에게 가지급금을 지급하지 않았음에도 허위로 원고에게 가지급금을 지급한 것으로 세금을 신고하게 되면, 위 단기대여금에 대한 이자가 법인의 수익으로 계산되어 법인세가 증가할 가능성이 있고, 이후 이 사건 처분과 같이 특수관계인에 대한 상여 처리로 인한 소득세 부담이 늘어날 여지도 있다. 이러한 점을 고려하면, 원고가 이 사건 회사의 법인세를 신고하면서 허위로 원고에게 단기대여금을 대여하였다고 기재할 합리적 이유를 찾아보기 어렵다. 원고는 이 사건 회사의 재정상태를 고려하면, 이 사건 회사가 원고에게 785,240,857원에 달하는 돈을 대여할 만한 능력이 없었다고 주장한다. 그러나 이 사건 회사가 반드시 임대수입 등을 통해서만 원고에게 돈을 대여할 수 있는 것은 아닌 점, 이 사건 회사가 2014년에 지급한 이자만 154,325,598원에 달하므로 대출 등 다른 자금을 통해서 원고에게 돈을 대여할 가능성을 배제하기 어려운 점 등을 참작하면, 원고의 위 주장을 그대로 받아들이기 어렵다. 이 사건 회사는 2015.7.28. 폐업일 무렵 및 그 이후 영업활동을 하지 않은 것으로 보이고 결국 2021. 12.1. 상법 제520조의 2 제1항에 의하여 해산 간주된 점, 이 사건 회사가 원고에 대해 가지급금등을 회수하려고 노력한 사정은 전혀 보이지 않는바, 이는 이 사건 회사가 원고에 대해 가지급금 채권의 회수를 포기한 것으로 평가할 수 있는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 회사의 폐업으로 원고와 이 사건 회사 간의 특수관계가 소멸된 것으로 평가할 수 있어 구 법인세법 시행령 제11조 제9호의 2 가목에서 정한 익금사유가 인정된다. 종합소득세는 과세기간 다음 연도 6월 1일부터 부과제척기간이 기산되므로, 2015년도 귀속 종합소득세 부과제척기간은 2016.6.1.부터 기산되고, 그 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 이상 5년이다. 피고가 2021.4.18. 원고에게 이 사건 처분을 하였고 이 사건 처분에 대한 통지가 2021.4.22. 원고에게 송달되었으므로, 이 사건 처분은 부과제척기간 내에 이루어졌음이 역수상 명백하다.