세금계산서를 발급받은 경우 해당 금액을 기재하고, 거래처별로 작성한 매입처별 세금계산서 합계표를 작성하여 제출한다.

예정신고를 하면서 누락한 매입금액인 예정신고 누락분은 확정신고 시에 포함하여 신고할 수 있다. 예정신고누락분 명세의 합계란의 금액과 세액을 기재한다. 공제받지 못할 매입세액을 포함한다.

재화나 용역을 공급받고 부가가치세액이 별도로 구분되는 현금영수증, 사업용 신용카드, 그 외의 신용ㆍ직불카드, 기명식선불카드등을 발급받은 경우 그 발행금액에 대해서 1.3%의 신용카드발행세액공제가 있으며, 연간 1,000만원을 한도로 공제받을 수 있다. 또한 직전 연도 공급가액이 10억원을 초과하는 경우 신용카드 발행세액공제를 적용할 수 없으니 주의가 필요하다. 공제받기 위해서는 신용카드매출전표등 수령명세서를 제출하고 관련 공급가액과 세액을 기재한다. 법인의 신용(체크)카드는 별도의 절차 없이 국세청 홈택스에서 조회가 가능하며, 개인의 신용카드는 국세청 홈택스에 사업용신용카드로 등록하는 절차를 거쳐야 조회가 가능하다. 세금계산서 수취분과 달리 매입세액 불공제대상(비영업용 소형승용차 관련, 기업업무추진비 관련 등)은 제외하고 기재한다. 신용카드로 결제하고 동일거래에 대하여 세금계산서도 중복으로 수취하였다면 세금계산서에 의해 공제받아야 한다. 고정자산을 취득하면서 신용카드로 결제한 경우에는 건물등 감가상각 자산취득명세서도 작성하여야 한다. 현금영수증의 경우 소득공제용(전화번호 기재)이 아닌 지출증빙용(사업자등록번호 기재)으로 발급받아야 매입세액공제를 받을 수 있다.

사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(면세농산물 등)을 원재료로 제조가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우에 의제매입세액을 공제받을 수 있다(부법 §42). 제조업을 영위하는 사업자(일반과세자)가 농ㆍ어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액 공제신고서만을 제출한다. 의제매입세액은 면세농산물 등의 매입가액에 의제매입세액공제율을 곱한 금액을 기재한다.

재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자로부터 재활용폐자원 및 중고자동차를 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액의 일정률에 해당하는 금액을 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다(조특법 §108). 재활용폐자원 등의 경우에는 과세표준의 80%를 한도로 공제하며, 중고자동차의 경우에는 한도 없이 공제한다. 이때 일반과세자로부터 매입한 재활용폐자원 등에 대하여는 공제받지 못한다. 공제받고자 하는 사업자는 매입세액공제신고서와 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출하여야 한다. 중고자동차의 경우 차량번호와 차대번호를 기재하여야 한다.

간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재에 있는 재고품등에 대하여 일반과세자로 전환되는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세 전환 시의 재고품등 신고서를 작성하여 납세지 관할 세무서장에게 신고한다(부령 §86 ①). 관할세무서장이 승인한 재고매입세액은 그 승인을 얻은 날이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.