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내국법인 수입배당금액의 익금불산입

BY 이철재

2025-07-01 조회 150

목 차

1. 배당소득에 대한 이중과세 논란과 이중과세조정제도
2. 수입배당금액 익금불산입제도
3. 내국법인 수입배당금액의 익금불산입 요건
4. 수입배당금액 익금불산입액의 계산
5. 지주회사 수입배당금액 익금불산입 특례 규정(2026.12.31.까지 수입배당금액에 적용) 2025 개정

최근 내국법인의 수입배당금액 익금불산입규정이 개정되고, 새로운 예규도 나와 이를 소개하기 위해 이번 원고를 집필하였다. 세무대리인과 기업의 세무업무담당자에게 도움이 되길 기대한다.

1. 배당소득에 대한 이중과세 논란과 이중과세조정제도

법인이 얻은 소득에 법인세를 과세하고 그 세후소득을 배당하면 다시 주주에게 법인세(개인주주는 소득세)를 과세한다. 이것이 배당소득에 대한 이중과세인지에 대하여는 독립과세론과 통합과세론의 두 가지 견해가 대립하고 있다. 독립과세론은, 법인기업은 개인기업에 비하여 자본조달이 용이하고 유한책임과 같은 이점이 있으므로 법인세 과세는 정당하며, 이중과세가 아니라는 견해이다. 반면에 통합과세론은, 법인은 주주 집합체로서 도관(conduit)에 불과하므로 주주는 법인단계와 주주단계에서 이중으로 세금을 부담한다고 보는 견해이다. 우리나라에서는 통합과세론에 따라 배당소득에 대하여 이중과세가 되는 것으로 보아 이중과세를 조정하고 있다. 배당소득에 대한 이중과세조정제도는 법인단계조정제도와 주주단계조정제도로 나누어진다. 법인단계조정제도는 법인단계에서 법인세를 과세하지 않는 제도로서 동업기업 과세특례제도와 배당소득공제제도가 있다. 주주단계조정제도는 법인단계에서 법인세를 과세하되, 주주단계에서 이중과세를 조정하는 제도로서 수입배당금액 익금불산입제도와 배당세액공제제도가 있다.

I 내국법인 수입배당금액에 대한 이중과세조정제도 I

구분	제도	내 용
법인단계 조정제도	동업기업 과세특례	동업기업이 동업기업 과세특례 신청을 하면 동업기업에는 과세하지 않고, 동업기업의 소득을 손익분배비율로 동업자에게 배분하여 동업자에게만 과세하는 제도
법인단계 조정제도	(지불)배당소득공제	투자회사 등의 명목상 회사가 배당가능이익의 90% 이상을 배당하면 그 금액을 소득공제하는 제도
주주단계 조정제도	수입배당금액 익금불산입	내국법인이 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액 중 일정액을 익금에서 제외시키는 제도
주주단계 조정제도	배당세액공제	개인이 내국법인으로부터 받은 배당소득에 법인단계에서 부담한 법인세를 더하여 종합소득금액을 계산하고, 산출세액에서 배당소득에 더한 법인세를 공제하는 제도

2. 수입배당금액 익금불산입제도

종전에 우리나라는 기업의 문어발식 확장에 의한 경제력 집중을 막기 위하여 법인이 받은 수입배당금액에는 이중과세조정을 하지 않았다. 1997년 한보철강, 삼미그룹, 해태그룹 등의 많은 재벌들이 연쇄부도가 발생하여 IMF의 관리를 받게 되면서 기업 지배구조의 투명성을 제고할 필요성이 높아졌다. 이에 따라 1999년 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」을 개정하여 설립이 금지되었던 지주회사의 설립을 허용하였다. 지주회사는 주식의 소유를 통해 다른 회사를 지배하는 것을 사업목적으로 하므로 배당금이 주된 수입원이다. 자회사가 사업을 하여 돈을 벌면 자회사에게 과세하고, 그 소득을 재원으로 배당을 하면 다시 지주회사에게 과세한다. 이러한 배당소득에 대한 이중과세가 지주회사 설립의 걸림돌이 되므로 지주회사의 설립을 세제상 지원하기 위하여 지주회사가 자회사로부터 받은 수입배당금액에 대한 익금불산입제도를 도입하여 2000년부터 시행하게 되었다. 지주회사에 대한 수입배당금액 익금불산입제도가 도입되자, 지주회사가 아닌 일반법인들이 지주회사와 일반법인 간의 배당소득에 대한 과세의 불형평 문제를 제기하여, 2001년부터 일반법인에 대한 수입배당금액 익금불산입제도를 추가로 도입하였다. 이에 따라 수입배당금액에 대한 익금불산입제도는 지주회사 규정과 내국법인 규정의 두 가지가 되었다. 지주회사는 일반법인보다 지배구조가 투명하므로 일반법인을 지주회사로 전환하도록 유도하기 위하여 일반법인보다 지주회사에 더 많은 혜택을 주었다. 그러나 국제기준에 맞추어 법인의 이중과세조정제도를 합리화하기 위하여 2022.12.31. 「법인세법」을 개정하여 지주회사 수입배당금액의 익금불입제도와 내국법인 수입배당금액의 익금불산입제도를 통합하고, 피투자법인의 상장ㆍ비상장에 따른 차별도 폐지하여 2023.1.1. 이후 배당받는 분부터 적용하도록 하였다. 다만, 2023.12.31.까지의 배당금에는 개정규정을 적용해도 되고, 종전의 지주회사 수입배당금액 익금불산입 특례를 적용할 수 있도록 유예규정을 두었고, 2025.3.14.에 그 유예규정의 적용기간을 2026.12.31.까지 3년을 연장하였다.

3. 내국법인 수입배당금액의 익금불산입 요건

내국법인(고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인 제외¹⁾)이 다른 내국법인으로 부터 수입배당금액을 받은 경우에 수입배당금액 중 일정액을 익금불산입을 할 수 있다(법법 §18의 2 ①). 비영리법인은 수입배당금액에 대하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있으므로 수입배당금액 익금불산입을 적용하면 이중혜택을 받게 된다. 이에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리법인을 수입배당금액 익금불산입대상에서 제외한 것이다. 1) 비영리내국법인이 배당소득 중 일부 금액에 대해 고유목적사업준비금 설정으로 손금산입하는 경우에는 수입배당금액 익금불산입의 적용을 배제한다(기획재정부 법인세제과-1241, 2017.9.25.). 그러나 비영리내국법인이 다른 내국법인으로부터 받은 의제배당에 대해 고유목적사업준비금을 손금에 산입하지 않은 경우 수입배당금의 익금불산입 규정을 적용할 수 있다(사전법령법인-53, 2016.4.6.).

4. 수입배당금액 익금불산입액의 계산

내국법인이 다른 법인으로부터 받은 수입배당금액은 배당금 지급 법인별로 구분하여 다음 계산식에 따라 익금불산입액을 계산한다. 익금불산입액이 0(영) 이하인 경우 0(영)으로 한다(법법 §18의 2 ①).

수입배당금액 익금불산입액 ＝ (수입배당금액 × 익금불산입률) － 지급이자차감액

(1) 수입배당금액

수입배당금액은 내국법인이 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액을 말한다²⁾(법법 §18의2 ②). 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 수입배당금액은 익금불산입대상이 아니다(법법 §18의 2 ② ; 법령 §17의 2 ④). 2) 조건부매매거래 계약에 따라 매수인이 쟁점주식을 보유하던 중 주식발행법인으로부터 배당금을 수취하여 이를 매도인에게 지급하는 경우 매도인이 수령한 배당금상당액은 수입배당금 익금불산입 적용 대상이다(기획재정부 법인세제과-154, 2023.3.6.). ① 법인단계에서 이중과세조정을 한 경우 ㉮ 동업기업 과세특례(조특법 §100의 15)를 적용받는 법인으로부터 받은 수입배당금액 ㉯ 유동화전문회사 등에 대한 소득공제(법법 §51의 2) 또는 프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제(조특법 §104의 31)에 따라 지급받은 배당에 대하여 소득공제를 적용받는 법인으로부터 받은 수입배당금액. 그러나 PFV가 요건 불충족으로 “유동화전문회사 등에 대한 소득공제”를 받지 못하는 경우, 해당 PFV의 법인주주인 내국법인은 PFV로부터 받은 배당금에 대하여 수입배당금액의 익금불산입 규정을 적용받을 수 있다(서면법규-598, 2014.6.17.). ㉰ 법인과세신탁에 대한 소득공제(법법 §75의 14)를 적용받는 법인과세 신탁재산으로부터 받은 수입배당금액 ② 최저한세가 배제되는 다음의 감면이 적용되는 법인으로부터 받은 수입배당금액(감면율이 100%인 사업연도에 한한다) ㉮ 수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등(조특법 §63의 2) : 다음의 경우에는 수입배당금액 익금불산입을 적용받을 수 있다. • 법인이 「조세특례제한법」제63조의 2에 따른 감면을 적용받는 법인인 경우에도 해당 사업연도에 주주에게 지급하는 배당의 재원이 되는 잉여금이 감면이 적용되기 이전 사업연도에 발생한 것으로서 법인세가 과세된 경우(서면법령법인-1555, 2015.10.18.),(서면법령해석-97, 2015.2.2.). • 감면율이 100%인 사업연도는 배당의 재원이 되는 잉여금이 발생한 사업연도를 기준으로 판단하며, 감면비율이 100%인 경우에도 과세표준에 감면 제외 대상 소득이 포함되어 있어 해당 배당금 지급법인이 부담하여야 할 총 법인세액의 일부만을 감면받는 경우에는 수입배당금 익금불산입 적용 배제대상에 해당하지 않는다(사전법령법인-421">법인-421, 2021.5.18.). ㉯ 제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면(조특법 §121의 8) ㉰ 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면(조특법 §121의 9) ③ 자본준비금의 감액으로 받은 배당 중 다음의 배당금액 2024 신설 ㉮ 자산재평가법의 재평가적립금 처분 규정³⁾을 위반하여 3% 재평가세율 적용분 재평가적립금을 감액하여 지급받은 수입배당금액⁴⁾ ㉯ 적격합병ㆍ분할에 따른 합병ㆍ분할차익 중 승계된 3% 재평가세율 적용분 재평가적립금을 감액하여 지급받은 수입배당금액 3) 「자산재평가법」제28조 제2항에서는 재평가적립금은 ① 재평가세의 납부, ② 자본에의 전입, ③ 재평가일 이후 발생한 재무상태표상의 이월결손금의 보전, ④ 환율조정계정상의 금액과의 상계 외에는 처분하지 못하도록 규정하고 있다. 4) 3% 재평가적립금은 익금불산입항목이므로 법인단계에서 법인세가 과세되지 않은 잉여금이다. 따라서 이를 감액하여 지급받은 배당은 이중과세문제가 없으므로 수입배당금 익금불산입 대상에서 제외한 것이다. ④ 피출자법인의 소득에 법인세가 과세되지 않은 다음의 의제배당금액 2024 신설 ㉮ 감자 등으로 인한 의제배당금액(자본의 감소로 인한 경우로 한정함)⁵⁾ ㉯ 법인이 자기주식을 보유한 상태에서 의제배당 비재원 자본잉여금을 자본에 전입함으로써 그 법인 외의 주주인 내국법인의 지분비율이 증가한 경우 증가한 지분비율에 상당하는 주식의 가액⁶⁾ 5) 유상감자 시 피출자법인의 감자차익에는 법인세가 과세되지 않는다. 그런데 이 감자차익을 재원으로 배당할 경우 주주에 따라 주식의 취득가액을 초과하는 경우가 발생할 수 있으며, 이 경우 의제배당 대상이 되는데 이 경우 이중과세로 볼 수 없으므로 수입배당금 익금불산입 대상에서 제외한 것이다. 예) 甲법인의 주식을 액면가액 100에 취득하여 보유하고 있던 乙주주가 주식을 소각당하고 감자대가로 150을 받은 경우 乙주주의 의제배당금액 50은 甲법인의 감자차익 50을 재원으로 받게 된 것으로 볼 수 있다.

6) 주식발행초과금과 같은 의제배당 비재원 자본잉여금은 익금불산입항목이므로 법인단계에서 법인세가 과세되지 않은 잉여금이다. 따라서 이를 재원으로 주주가 받은 무상주 의제배당은 이중과세문제가 없으므로 수입배당금 익금불산입 대상에서 제외한 것이다. ⑤ 배당기준일 전 3개월 이내⁷⁾에 취득한 주식 등⁸⁾에서 발생한 수입배당금액. 이 경우 동일 종목의 주식 중 일부를 양도한 경우에는 선입선출법에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다. 7) 「법인세법」제47조 제1항의 요건을 갖춘 물적분할에 의하여 신설된 내국법인이 분할법인으로부터 승계받은 주식에 대해 같은 법 제18조의 2 또는 제18조의 3에 따라 수입배당금 익금불산입함에 있어서 해당 주식에 대한 보유기간은 분할법인이 보유하던 기간을 합산하여 계산한다(법인-103, 2010.2.2.). 8) 인적분할로 신설된 법인의 경우에는 분할법인의 주식취득일을 기준으로 판정한다(법인-590, 2012.9.28.). (서이46012-10957, 2002.5.4.) □ 배당기준일 전 3개월 이내 취득한 주식에 대한 규제

배당기준일 후에 주식을 취득한 주주는 배당금을 받을 수 없으므로 배당기준일 다음날의 주가는 전일의 주가보다 배당금만큼 하락하는데, 이를 배당락이라고 한다. 배당기준일 직전에 주식을 취득한 후 배당기준일 직후에 주식을 처분하면 배당금을 받으나, 배당락으로 인하여 배당금만큼 주가가 하락하여 주식처분손실이 발생하므로 배당금수익과 주식처분손실이 상쇄되어 당기순이익에는 변동이 없다. 이 경우에 수입배당금액 익금불산입을 적용하면 각 사업연도 소득이 감소하여 수입배당금액 익금불산입제도를 조세회피수단으로 악용할 수 있으므로 배당기준일 전 일정한 기간(현재 3개월)이내 취득한 주식에서 발생한 배당금수익에는 수입배당금액 익금불산입을 하지 않는다.

I 배당기준일과 배당확정일에 대한 이해 I 법인이 배당을 하는 경우에는 일정한 날의 주주에게 배당금을 지급하는데, 그 일정한 날을 배당 기준일이라고 하며, 주주총회에서 배당금을 결정한 날을 배당확정일이라고 한다. 예를 들어, 20×2.3.1.에 개최된 정기주주총회에서 20×1.12.31. 현재의 주주에게 20×1년에 대한 배당금을 지급하기로 결의한 경우 20×1.12.31.이 배당기준일이고 20×2.3.1.이 배당확정일이다.

(2) 익금불산입률

피출자법인에 대한 출자비율	익금불산입률
50% 이상	100%
20% 이상 50% 미만	80%
20% 미만	30%

출자비율은 배당기준일 현재 3개월 이상 계속하여 보유하고 있는 주식 등을 기준으로 계산한다. 수입배당금 익금불산입 계산 시 지분비율계산은 우선주를 포함한 발행주식총수를 기준으로 한다(서면2팀-582, 2006.4.5.). 만일 사업연도 중 법인의 불균등 증자 또는 불균등 감자로 인하여 출자비율이 달라진다 하더라도, 수입배당금의 익금불산입액을 계산함에 있어서 지분비율계산은 출자받은 내국법인의 배당기준일 현재 3개월 이상 계속하여 보유하고 있는 주식 등을 기준으로 계산한다(서이46012-10072, 2002.1.11.). 그리고 법인이 배당기준일 현재 3개월 이상 계속하여 보유하고 있던 자회사의 주식을 처분한 경우에도, 수입배당금에 대한 익금불산입액은 주식처분손익에 영향을 미치지 아니한다(법인-818, 2010.8.30.).

(3) 지급이자차감액

내국법인에게 해당 사업연도에 발생한 차입금의 이자가 있는 경우에는 지주회사가 자회사로부터 받은 수입배당금액 익금불산입의 지급이자차감액의 규정을 준용하여 배당금지급법인별로 다음 계산식에 따라 계산한 금액의 합계액을 익금불산입대상 수입배당금액에서 차감한다(법법 §18의 2 ① 3호; 법령 §17의 2 ③).

지급이자차감액 ＝ A ×	B	× D
	C

A : 내국법인의 차입금이자 B : 해당 피출자법인의 주식 등의 장부가액 적수(積數 : 일별 잔액의 합계액을 말함) C : 내국법인의 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 자산총액의 적수 D : 익금불산입률

① 내국법인의 차입금이자 내국법인의 차입금이자는 배당확정일이 속하는 사업연도의 지급이자(구매자금대출이자 포함)를 말하나, 다음 중 어느 하나에 해당하는 금액은 지급이자에 포함하지 아니한다(법령 §17의 2 ②).

㉮「법인세법」상 손금불산입된 지급이자 ㉯ 현재가치할인차금의 상각액(서면2팀-1983, 2004.9.23.) ㉰ 연지급수입에 있어서 취득가액과 구분하여 지급이자로 계상한 금액(재경부법인46012-80, 2003.5.9.) ㉱ 금융회사의 수신자금의 이자(서면2팀-1735, 2004.8.19.) ㉲ 금융회사 등이 예금증서를 발행하거나 예금계좌를 통하여 일정한 이자지급 등의 대가를 조건으로 불특정다수의 고객으로부터 받아 관리하고 운용하는 자금의 이자(서면법령법인-22121,2015.5.7.)

② 해당 피출자법인의 주식 등의 장부가액 적수 해당 피출자법인의 주식 등의 장부가액 적수는 익금불산입대상인 수입배당금액이 발생한 주식(국가 및 지방자치단체로부터 현물출자받은 주식은 제외한다)의 세무상 장부가액의 적수를 말한다. 익금불산입대상인 수입배당금액이 발생하지 않은 주식은 주식 적수 계산에 포함하지 아니한다. ③ 내국법인의 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 자산총액의 적수 내국법인의 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 자산총액의 적수는 내국법인의 당기말 재무상태표의 자산총액의 적수를 말한다. 재무상태표상 자산총액에 의하므로 사업연도 중의 변동을 무시하고, 유보도 고려하지 아니한다. ④ 익금불산입률 수입배당금액에 적용한 익금불산입률을 말한다.

[예규 및 판례] ❶ 환매조건부매매거래 시 수입배당금액 익금불산입 적용 여부 【질의】 환매조건부매매거래 계약에 따라 매수인이 쟁점주식을 보유하던 중 주식발행법인으로부터 배당금을 수취하여 이를 매도인에게 지급하는 경우 매도인에 대하여 「법인세법」제18조의 2에 의한 수입배당금 익금불산입 규정이 적용되는지여부 (제1안) 매도인이 수령한 배당금상당액은 수입배당금 익금불산입 적용대상 아님. (제2안) 매도인이 수령한 배당금상당액은 수입배당금 익금불산입 적용대상임. 【회신】 귀 질의의 경우 제2안이 타당함(기획재정부 법인세제과-154, 2023.3.6.). ➋ 감면비율이 100%인지 여부 내국법인이 「조세특례제한법」제63조의 2에 따른 감면을 적용받는 법인으로부터 수취하는 배당금에 대하여 「법인세법」제18조의 2에 따른 수입배당금 익금불산입 규정을 적용함에 있어 같은 법 시행령 제17조의 2 제4항 제1호에 따른 감면율이 100%인 사업연도는 배당의 재원이 되는 잉여금이 발생한 사업연도를 기준으로 판단하는 것이며, 해당 내국법인에게 배당금을 지급하는 법인의 잉여금이 발생한 사업연도의 감면대상소득에 대한 감면비율이 100%인 경우에도 과세표준에 「조세특례제한법 시행령」제60조의 2 제5항(2021.2.17. 대통령령 제31444호로 개정되기 전의 것)에 따른 감면제외 대상 소득이 포함되어 있어 해당 배당금 지급법인이 부담하여야 할 총 법인세액의 일부만을 감면받는 경우에는 「법인세법」제18조의 2 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제17조의 2 제4항 제1호에 따른 수입배당금 익금불산입 적용 배제대상에 해당하지 않는 것임(사전법령법인-421">법인-421, 2021.05.18). ➌ 피출자법인이 자기주식을 보유하고 있는 경우 출자비율의 계산 【질의】

① 총 발행주식수	33,252,697주
② 자기주식수	10,858,846주
③ 유통주식수(① － ②)	22,393,851주
④ 취득주식수	14,055,889주
⑤ 유효 출자비율(④ ÷ ③) 자기주식을 제외(갑설)	62.77%
⑥ 명목 출자비율(④ ÷ ①) 자기주식을 포함(을설)	42.27%

질의법인은 자회사로부터 수령한 배당수익에 대하여 수입배당금 익금불산입 규정을 적용함에 있어 출자비율 산정 시, 우리청 해석(서면법령법인-2886">법인-2886, 2019.12.18.⁹⁾)에 따라 「발행주식총수에서 자기주식을 제외한 유효 출자비율」을 기준으로 하여 100%의 익금불산입률을 적용하여 왔음. 한편, 종전 규정에 따를 경우에는 유효 출자비율(62.77%) 또는 명목 출자비율(42.27%) 모두 100%의 익금불산입률 적용대상이었으므로 무차별하였으나, 최근 쟁점규정의 개정에 따라 명목 출자비율로 판단하는 경우에는 80%의 익금불산입률이 적용됨. 수입배당금 익금불산입 규정을 적용함에 있어, 출자법인의 피출자법인에 대한 출자비율(출자주식수 ÷ 발행주식총수) 산정시, 분모의 발행주식총수에 「피출자법인이 보유한 자기주식」이 포함되는지 여부 9) 내국법인이 다른 내국법인(이하 ‘갑법인’)의 발행주식총 수 중 갑법인이 자기주식으로 보유하고 있는 주식을 제외한 나머지 주식 전부를 보유하면서 갑법인으로부터 현금배당을 받은 경우 「법인세법」(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제18조의 3을 적용함에 있어 같은 조 제1항 제1호 단서에 따라 수입배당금액 전액에 상당하는 금액을 익금에 산입하지 아니하는 것임(서면법령법인-2886">법인-2886, 2019.12.18.).

(갑설) 발행주식총수에 자기주식은 제외 (을설) 발행주식총수에 자기주식을 포함

【회신】 「법인세법」제18조의 2를 적용함에 있어 ‘피출자법인에 대한 출자비율’ 산정 시, 자기주식은 제외하고 계산하는 것임(사전법규법인-747, 2023.11.23.). ➍ 수입배당금액 익금불산입의 지급이자차감액 계산 시 주식의 장부가액의 개념 「법인세법」제18조의 3 제1항 제2호에 따라 지주회사 수입배당금 익금불산입 대상 금액에서 차감하는 지급이자 금액을 계산함에 있어 같은 법 시행령 제17조의 3 제5항에 따른 계산식에서 “해당 자회사의 주식 등의 장부가액”은 기업회계상의 장부가액에서 해당 주식과 관련된 세무조정사항(압축기장충당금을 포함한 유보금액)을 가감한 세무상 장부가액을 의미하는 것임(사전법령법인-911, 2020.11.16.). ➎ 합병법인이 피합병법인으로부터 승계취득한 주식에서 발생한 수입배당금의 익금불산입 적용시, 해당 주식 보유기간 산정 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사가 완전자회사를 적격합병함에 따라 완전 자회사로부터 승계하여 취득하는 주식에서 발생하는 배당금에 대하여 「법인세법」제18조의 3에 따른 수입배당금 익금불산입 규정을 적용함에 있어 그 수입배당금이 발생하는 주식이 배당 기준일 전 3개월 이내에 취득한 주식인지 여부는 피합병법인의 당해 주식 취득일을 기준으로 판정하는 것임(사전법령법인-1167, 2021.10.12.).

5. 지주회사 수입배당금액 익금불산입 특례 규정(2026.12.31.까지 수입배당금액에 적용) 2025 개정

(1) 개요

종전에는 지주회사는 일반법인보다 지배구조가 투명하므로 일반법인을 지주회사로 전환하도록 유도하기 위하여 수입배당금액 익금불산입을 적용할 때 지주회사가 자회사로부터 받는 수입배당 금액에는 더 큰 혜택을 주었다. 그러나 2023.1.1. 이후 배당받는 분부터 지주회사 수입배당금액의 익금불산입제도와 내국법인 수입배당금액의 익금불산입제도를 통합하여 적용하도록 하였다. 그런데 과거 정부의 정책에 따라 지주회사로 전환한 지주회사에 부여한 세제지원을 갑작스럽게 축소하는 것은 정부 정책에 대한 신뢰를 크게 저해할 수 있어 2023.12.31.까지의 배당금에는 개정규정을 적용해도 되고, 종전의 지주회사 수입배당금액 익금불산입 특례를 적용할 수 있도록 유예규정을 두었다. 이때 지주회사가 개정 전과 동일한 수준의 익금불산입률을 유지하기 위해서는 주식시장에서 상장된 자회사에 대한 10% 이상의 추가적인 지분 취득이 이루어져야 하는데, 1년이라는 짧은 유예기간 동안 자회사 주식을 취득할 경우 주식시장에 심각한 왜곡이 발생할 우려가 있다는 지적이 있었다. 이에 지주회사가 상장자회사의 주식을 추가 취득할 수 있는 적정한 시간을 마련하여 주기 위하여 2025.3.14.에 지주회사가 종전의 수입배당금 익금불산입 적용률을 적용할 수 있는 유예기간을 2026.12.31.까지 연장하였다(2025.3.14. 법법 개정 부칙 §16 ②). 2025 개정 □ 지주회사 수입배당금액 익금불산입률 적용 유예기간 연장

종 전	개 정
□ 익금불산입률 적용 유예기간 ㅇ내국법인이 2023.12.31.까지 받는 수입배당금액에 대해서는 제18조의 3의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른 익금불산입률을 적용할 수 있음. ㅇ 2023.12.31.까지	□ 유예기간 연장 ㅇ내국법인이 2026.12.31.까지 받는 수입배당 금액에 대해서는 제18조의 3의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른 익금불산입률을 적용할 수 있음. ㅇ 2026.12.31.까지

〈개정이유〉 지주회사 세부담 완화 〈적용시기〉 2025.3.14. 이후 신고하는 분부터 적용

따라서 지주회사는 2026.12.31.까지 자회사로부터 받는 수입배당금액은 「법인세법」제18조의 2【내국법인 수입배당금액의 익금불산입】을 적용해도 되고, 2022.12.31. 삭제된 「법인세법」제18조의 3 【지주회사 수입배당금액의 익금불산입 특례】를 적용해도 된다. 개정부칙에 배당금 전체에 대하여 하나를 선택하라는 규정이 없으므로 배당금을 지급한 자회사별로 각각 구분하여 개정규정과 종전규정 중 유리한 것을 선택적용할 수 있는 것으로 보인다. 종전 규정의 익금불산입률과 개정규정의 익금불산입률을 비교하면 다음과 같다.

자회사의 구분	자회사에 대한 출자비율	종전규정	개정규정
주권상장법인	50% 이상	100%	100%
	40% 이상 50% 미만	100%	80%
	30% 이상 40% 미만	90%	80%
	20% 이상 30% 미만	80%	80%
비상장법인	80% 이상	100%	100%
	50% 이상 80% 미만	90%	100%
	40%(벤처기업 20%) 이상 50% 미만	80%	80%

(2) 지주회사 수입배당금액 익금불산입 특례 규정의 적용요건

지주회사 수입배당금액의 익금불산입 특례 규정을 적용하려면 다음 요건을 모두 갖추어야 한다(법법 §18의 3 ①).

① 수입배당금액을 받은 법인은 지주회사일 것 수입배당금액을 받은 법인은 사업연도 종료일 현재 지주회사로 신고된 내국법인이어야 한다. 지주회사란 다음 중 어느 하나에 해당하는 내국법인으로서 관련 법률에 따라 지주회사로 신고된 내국법인을 말한다(법령 §17의 3 ①). 다만, 사업연도 종료일 현재 해당 법률에 따른 지주회사의 설립ㆍ전환의 신고기한이 도래하지 아니한 자가 해당 각 사업연도의 소득에 대한 「법인세법」제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 해당 법률에 따라 지주회사로 신고한 경우에는 이를 지주회사로 본다(법령 §17의 3 ①).

㉮「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사 ㉯「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사 ㉰「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」에 따른 공공연구기관첨단기술지주회사 ㉱「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학연협력기술지주회사

② 자회사에 대한 지분율요건 지주회사는 직접 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 40%(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인 또는 「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업의 경우에는 20%) 이상을 배당기준일 현재 3개월 이상 계속 보유하고 있어야 한다(법령 §17의 3 ②). ③ 자회사의 업종 금산분리원칙에 따라 「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사의 자회사는 한국표준산업분류에 의한 금융 및 보험업(이하 “금융업”이라 한다) 및 금융업과 밀접한 관련이 있는 일정한 사업¹⁰⁾을 하는 것을 목적으로 하는 법인이어야 하고, 금융지주회사 외의 지주회사의 자회사는 한국표준산업분류에 따른 금융 및 보험업을 영위하지 아니하는 법인이어야 한다. 이 경우 해당 내국법인이 금융지주회사 외의 지주회사인 경우에는 금융 및 보험업을 영위하지 아니하는 법인으로 본다(법령 §17의 2 ② 2호). 10) 금융업과 관련이 있는 일정한 사업(금융지주회사법 시행령 §2 ②) ① 금융업을 영위하는 회사(이하 “금융기관”이라 한다)에 대한 전산ㆍ정보처리 등의 용역의 제공 ② 금융기관이 보유한 부동산 기타 자산의 관리 ③ 금융업과 관련된 조사ㆍ연구 ④ 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 설립된 경영참여형 사모집합투자기구의 재산 운용 등 그 업무집행사원이 행하는 업무 ⑤ 그 밖에 금융기관의 고유업무와 직접적인 관련이 있거나 금융기관의 효율적인 업무수행을 위하여 필요한 사업으로서 금융위원회가 정하여 고시하는 사업

(3) 지주회사가 자회사로부터 받은 수입배당금액 익금불산입액의 계산

지주회사가 자회사로부터 받은 수입배당금액 익금불산입액의 계산방법은 내국법인 수입배당금액 익금불산입규정과 같으나 다음과 같은 점에서 차이가 있다. ① 익금불산입률 익금불산입률은 지주회사가 자회사에 대하여 배당기준일 현재 3개월 이상 보유하고 있는 출자비율에 따라 다음의 익금불산입률을 적용한다.

자회사의 구분	자회사에 대한 출자비율	익금불산입률
주권상장법인(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인을 말함)	40% 이상	100%
	30% 이상 40% 미만	90%
	20% 이상 30% 미만^*	80%
주권상장법인 외의 법인	80% 이상	100%
	50% 이상 80% 미만	90%
	40%(벤처기업 20%) 이상 50% 미만^*	80%

* 출자비율이 40%(주권상장법인회사 또는 벤처기업의 경우 20%) 미만인 경우에는 지주회사 규정을 적용할 수 없으므로, 내국법인이 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액 익금불산입 규정을 적용한다 ② 지급이자차감액 ㉮ 지급이자 「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사가 차입할 때의 이자율보다 높은 이자율로 자회사에 대여한 금액에 상당하는 차입금의 이자는 지급이자차감액 계산 시 지급이자에서 제외한다(법령 §17의 3 ④). 금융지주회사가 차입 시 이자율보다 높은 이자율로 자회사에 대여한 경우 수입배당금액 익금불산입 시 그 차입금이자를 지급이자에서 제외하고, 그 대여금을 자산총액에서 제외하도록 한 것은, 금융지주회사는 자금을 차입하여 자회사에 대여하는 것을 고유업무로 하는 점을 고려한 것이다. ㉯ 지급자산총액의 적수 지주회사의 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 자산총액의 적수를 계산할 때「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사가 차입할 때의 이자율보다 높은 이자율로 자회사에게 대여한 금액이 있는 경우에는 자산총액에서 그 대여금을 뺀 금액으로 적수를 계산한다.

예제 1 지주회사가 아닌 ㈜한공의 제25기(2025.1.1.∼2025.12.31.)의 다음 자료로 수입배당금액 익금불산입에 대한 세무조정을 하고, 수입배당금액명세서[별지 제16호의 2 서식]를 작성하시오. <자료>1. ㈜한공이 보유하고 있는 주식 및 배당금관련 자료는 다음과 같다. 다만, 피투자법인은 모두 내국법인이다.

구분	㈜서울(상장사)	㈜부산(비상장사)	㈜광주(상장사)
주식취득일	2025.8.1	2023.11.8.	2024.1.3.
주식의 취득가액	800,000,000	700,000,000	210,000,000
발행주식총수	10,000주	20,000주	40,000주
지분율	15%	90%	10%(무의결권주식)
배당금수익	80,000,000	30,000,000	10,000,000
배당기준일	2025.9.30	2024.12.31.	2024.12.31.
배당확정일	2025.11.30	2025.3.10.	2025.2.24

㈜한공은 수입배당금액을 손익계산서상 영업외수익으로 회계처리하였다. 당기말 현재 재무상태표상 자산총액은 42억원이다. ㈜광주의 주식은 국가로부터 현물출자받은 주식이다. 2. 손익계산서의 영업외비용의 이자비용은 105,000,000원이다. 당기에 특수관계인 회사에 대한 업무무관 가지급금으로 인한 지급이자 손금불산입액은 15,000,000원이며, 해당 세무조정은 이미 하였다. 해답 1. 수입배당금에 대한 익금불산입액 계산 ㈜서울 : 0^*1 ㈜부산 : 30,000,000 × 100% － 15,000,000^*2 = 15,000,000 ㈜광주 : 10,000,000 × 30% － 0^*3 = 3,000,000 계 18,000,000 *1 배당기준일 현재 3개월 미만 보유한 주식에서 발생한 배당금이므로 익금불산입 배제

*2 (105,000,000 － 15,000,000) ×	700,000,000 × 365	× 100% ＝ 15,000,000
	4,200,000,000 × 365

*3 (105,000,000 － 15,000,000) ×	0^*× 365	× 30% ＝ 0
	4,200,000,000 × 365

* 국가로부터 현물출자받은 주식은 지급이자차감액 계산 시 주식가액을 0으로 본다. 2. 수입배당금에 대한 익금불산입액에 대한 세무조정 <익금불산입> 수입배당금액 18,000,000(기타) 3. 수입배당금액 명세서[별지 제16호의 2 서식] 작성

예제 2 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사인 ㈜서울홀딩스의 제10기(2025.1.1. ∼ 2025.12.31.)의 다음 자료로 수입배당금액 익금불산입에 대한 세무조정을 하시오. <자료>1. ㈜서울홀딩스가 보유하고 있는 주식 및 배당금관련 자료는 다음과 같다. ㈜서울홀딩스는 수입배당금액을 수익으로 계상하였다.

구분	㈜동작(상장사)	㈜강서(상장사)	㈜종로(비상장사)
업종	무역업	제조업	물류업
주식의 취득가액	10억원	40억원	20억원
배당기준일 현재 지분율	30%	40%	60%
지분율	15%	90%	10%(무의결권주식)
배당금수익	30,000,000	90,000,000	60,000,000
배당기준일	2024.12.30	2024.12.31.	2024.12.30.
배당확정일	2025.3.2	2025.3.10.	2025.2.24

㈜동작과 ㈜강서의 위의 주식은 모두 2016년에 취득한 후 당기말까지 변동이 없다. ㈜종로의 주식은 2020년에 국가로부터 현물출자받은 주식이며, 취득 이후 지분율은 변동이 없다. 2. ㈜서울홀딩스의 제10기 손익계산서의 영업외비용의 이자비용은 400,000,000원이며, 그중에 2억원은 업무무관자산 등 관련이자로 손금불산입되었다. 3. ㈜서울홀딩스의 제10기말 현재 재무상태표상 자산총액은 100억원이다. 해답 1. 수입배당금에 대한 익금불산입액 계산 ㈜동작 : 30,000,000 × 90% - 18,000,000^*1 = 9,000,000 ㈜강서 : 90,000,000 × 100% - 80,000,000^*2 = 10,000,000 ㈜종로 : 60,000,000 × 100% - 0^*3 = 60,000,000 계 79,000,000

*1 (400,000,000 － 200,000,000) ×	10억원 × 365	× 90% ＝ 18,000,000
	100억원 × 365

*2 (400,000,000 － 200,000,000) ×	40억원 × 365	× 100% ＝ 80,000,000
	100억원 × 365

*3 (400,000,000 － 200,000,000) ×	0원 × 365	× 100% ＝ 0
	100억원 × 365

㈜동작, ㈜강서 및 ㈜종로는 지주회사 수입배당금액의 익금불산입 특례 요건을 구비하였다. ㈜동작의 경우 종전규정은 90%, 개정규정은 80%이므로 종전 규정을 적용하고, ㈜강서의 경우 종전규정은 100%, 개정규정은 80%이므로 종전규정을 적용하고, ㈜종로의 경우 종전규정은 90%, 개정규정은 100%이므로 개정규정을 적용한다. 국가로부터 현물출자받은 주식이므로, 지급이자차감액 계산 시 주식가액에 포함하지 아니한다. 2. 수입배당금에 대한 익금불산입액에 대한 세무조정<익금불산입> 수입배당금액 79,000,000(기타)

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